El territorio de Saldaña ha estado poblado desde épocas prehistóricas. La villa inicialmente estuvo emplazada en los altos de la loma de La Morterona, a un kilómetro de su situación actual y consta su existencia durante la dominación romana.
En el siglo VI se refugian en ella los nobles Cántabros sublevados contra los visigodos. Conquistada la villa por el rey Leovigildo, acuña monedas con su efigie y la leyenda "Leovigildus Rex Saldania Justus" para recordar este hecho.
La ocupación del castillo por los musulmanes y posterior conquista por Alfonso I tras un duro asedio, hacen que el lugar quede dentro de una amplia zona despoblada al trasladarse sus habitantes a tierras cántabras.
Con la repoblación posterior de la comarca y el asentamiento de la villa en su actual emplazamiento, el rey Ramiro II establece el condado de Saldaña, siendo su primer conde Sancho Díaz, quién al igual que su aliado el conde castellano Fernán González, siempre se mostró rebelde con los reyes leoneses, lo que motivó que fueran encarcelados en 944.
En 995, durante una de sus campañas militares, Almanzor destruye la fortaleza y su iglesia de Santa María del Castillo. Con la unión del condado de Saldaña al de Carrión, pasan a pertenecer a los Beni Gómez, quienes establecen la capital en Saldaña.
Posteriormente, en la primera mitad del siglo XI, es reconstruido y ampliado, como confirma la prueba de carbono 14 realizada sobre los restos de una viga. Mantiene su importancia estratégica y es centro de intrigas y disputas sucesorias. En 1126 fallece en la localidad, puede que en el castillo, la reina doña Urraca de Castilla, en circunstancias no muy claras para los historiadores.
Dos años mas tarde, en noviembre de 1128, es escenario de la boda del rey Alfonso VII con doña Berenguela de Barcelona, como parte de los festejos se celebra una corrida de toros, la primera que se conoce en la historia taurina de España.
La merindad de Saldaña llegó ha estar formada por 193 pueblos y lugares hasta su disgregación debido al proceso de señorialización de la misma. Durante los años 1136 a 1154, ocupa el cargo de merino del rey Diego Muñoz. Por el tratado de Medina de Rioseco firmado en 1181 entre los reinos de Castilla y León, el castillo aparece entre los puestos en manos del maestre de la orden de Santiago, que actuán como garantes de la paz.
Juan Alfonso de Alburquerque figura a mediados del siglo XIV como señor de Saldaña y recibe anualmente 8 dineros de cada vasallo por el solar que habita. También cobra de Saldaña junto con otras localidades seiscientos maravedís por yantar y cuatrocientos cuarenta por martiniega, mientras que al rey le pagan fonsadera.
Tras enfrentarse al rey Pedro I, su patrimonio se incorpora a la Corona y más tarde a varios señores hasta que en 1452 pasa a Iñigo López de Mendoza, Marqués de Santillana, después de permutar con el Obispo de Ávila la villa de Coca por Saldaña.
Poco después se la cede a su primogénito, Diego Hurtado de Mendoza al que los Reyes Católicos conceden el título de Duque del Infantado en 1475. En este periodo los alcaides del castillo dieron constantes motivos de queja al concejo debido a los abusos que cometen al encontrarse lejos de su señor.
Durante el siglo XV la judería de Saldaña va aumentando su importancia y pasa a ser una de las que más contribuyen de la provincia, con una población censada en el año 1474 de 31 familias.
En 1479 año los Reyes Católicos conceden a Diego Hurtado de Mendoza, para ser usado por el primogénito de la casa, el título de Conde de Saldaña. Tras la muerte de su hermano mayor pasa a Iñigo López de Mendoza, II Duque del Infantado. También dan varias disposiciones para potenciar ferias y mercados, institucionalizando Diego Hurtado de Mendoza el mercado de los martes en 1502.
Según el censo de 1528 hay 302 vecinos pecheros, mientras que datos eclesiásticos de 1587 indican la existencia de 300 vecinos, y se censan 318 vecinos pecheros en 1591.
El Censo de Campofrío de 1712 indica un vecindario formado por 27 vecinos, 12 viudas contadas como 6 vecinos, y 37 pobres. Hay además 7 hidalgos y 3 mendicantes exentos de pago.
La población en 1751 asciende a 172 vecinos seglares, en el que se considera cada dos viudas y solteras de casa abierta como un vecino. Forman el caserío 185 casas habitables, tres inhabitables, además de la casa del Ayuntamiento y la usada como cárcel.
Aparece Saldaña en el censo de 1768 incluida en el obispado de León, con 763 habitantes, de los que 358 son hombres y 405 mujeres. Exentos de impuestos hay 26 hidalgos, 3 del real servicio y 1 perteneciente a las cruzadas. Dispone de dos parroquias, la de San Miguel que atiende a 367 almas, y la de San Pedro a 396. Además en el Convento de San Francisco hay 6 religiosos y un lego, no incluidos en el censo.
La localidad cuenta en 1771 con 5 cofradías, la Sacramental, de Jesús, de la Cruz, de Animas y del Santísimo Cristo del Amparo.
Un nuevo censo en 1787 indica la existencia de 935 habitantes, que por ocupaciones se distribuyen entre 50 artesanos, 40 jornaleros, 28 labradores, 21 estudiantes, 17 criados, 11 hidalgos, 9 comerciantes, 6 escribanos, 5 abogados, 3 empleados reales, 1 militar y 1 de la inquisición. Eclesiásticos hay 4 beneficiados, 3 curas, 2 sacristantes y 5 pertenecientes a ordenes menores. Hay un convento de frailes mínimos con 4 profesos, 1 lego y 2 criados y el Hospital de la Misericordia con 2 sirvientes y un hombre y una mujer enfermos.
El número de vecinos en 1828 es de 276, 1.074 habitantes, que disminuyen en 1843 a 177 vecinos, 920 almas, y con un casco urbano formado por 200 casas. En 1877 la población de derecho asciende a 1.511 habitantes de los que 705 son hombres y 806 mujeres.
Al igual que otras localidades, Saldaña figura como lugar de nacimiento del mítico Bernardo del Carpio. Así, el padre Mariana en su Historia General de España (siglo XV) señala que nace en este castillo, fruto de los amores ilícitos entre el conde Sancho Díaz y Doña Jimena, hermana del rey leones Alfonso II el Casto, quién al enterarse del hecho encierra al conde en el castillo de Luna (León) hasta su muerte y enclaustra a su hermana en un convento del que no volvió a salir.