En la loma de La Morterona, se han detectado los vestigios más antiguos de presencia humana, correspondientes a la Edad del Hierro. Se trata de un poblado con casas de adobe o tapial que ha llegado hasta nuestros días muy destruido. Para su protección contó, en los lados Norte y Oeste de la población, los de más fácil acceso, con una muralla construida de barro sobre un zócalo de grandes guijarros, precedido por un foso defensivo de tres metros de profundidad con forma de V.
Entre los años 50 y 75 d.C., varias décadas después de la ocupación romana, se rellena este foso al perder su función defensiva. Más tarde se ubica sobre el mismo la necrópolis de Las ánimas, mientras que la de Los Cuernos, se sitúa posteriormente sobre los restos de la muralla y casas del siglo IV d.C.
En el siglo IX, tras la ocupación musulmana y la posterior repoblación de la comarca, una pequeña población se establece al amparo del castillo, construyendo una muralla que rodeaba el cerro del Castillo por su parte baja, de la que únicamente se conservan escasos restos de la entrada, al inicio de la subida a la fortaleza. Estaba construida con cantos rodados, trabados con mortero de cal.
En su interior, además de la fortificación que contaba con su propia muralla, se encontraba la parte principal de la población y la iglesia parroquial de Santa María del Castillo, desaparecida en el siglo XVI, a la que se cree que podían pertenecer la esquina del edificio que se conservaba en la ladera sur del cerro del castillo, derrumbada en enero del año 2000.
Poco a poco la población se va trasladando a la ubicación actual de la villa, existiendo constancia documental de la plaza Vieja ya en el siglo XII y de la parroquia de San Miguel en el XIII.
En 1468 el Concejo se queja al Marqués de Santillana, entre otras cosas, de que la cerca esta deteriorada y no se arregla debido a que algunos vecinos se han ido a vivir al mercado, situado en el arrabal, y donde pueden comprar y vender libremente. Años después, en 1486, se hace un acuerdo entre el Concejo y la Aljama judía para el pago de la contribución pedida por el Duque, en el que establece que en caso de incumplimiento un tercio de la multa se emplee para el arreglo de la muralla, mientras que otro acuerdo para los gastos anuales asigna la mitad de la multa para el mismo fin.
La cerca disponía de varios accesos, así se cita la Puerta Maya o de Maya, única de la que aún queda algún vestigio en la subida al castillo. También se mencionan las puertas de Valfrío, la de Lera, y la de la Villa que era el acceso de la plaza del mercado a la plaza Vieja y junto a la que se encontraba el rollo de justicia. También se mencionan los postigos de San Juan.
En el siglo XIX, durante las guerras Carlistas, existió en el casco urbano de Saldaña una fortificación en torno a la Iglesia de San Miguel, aprovechando los edificios como baluartes y levantando muros de piedra para cerrar las calles. Denominado "fuerte" en la documentación de la época, su finalidad era la de permir parapetarse en caso de necesidad. Una vez pasado el peligro y ante la apropiación por parte de los vecinos de las piedras que con que estaba construido, en 1842 el Ayuntamiento entrega de 250 a 300 piedras a los vecinos de la calle Zapatería para el arreglo del firme.