Durante el avance de la Reconquista, una de las vías de penetración en la provincia de Palencia sigue el curso del río Carrión, repoblando las localidades de Guardo, Saldaña y Carrión de los Condes. Poco después continúa con Cisneros, el antiguo "Cinisario", levantado sobre un antiguo castro cuyas cenizas le dieron nombre.
La villa disponía de un castillo situado en su parte más alta que tuvo una cierta importancia en ese periodo ya que a su amparo se realizaron diversos asentamientos en Tierra de Campos.
En el año 960 ya se menciona esta fortaleza y posteriormente en un documento de 1080 como palacio.
Es probable que a principios del siglo XIII la tenencia del castillo esté en manos de la familia Girón donde, al igual que el de Autillo de Campos, se refugia la reina Berenguela de Castilla ante el acoso a que es sometida por los Lara durante la minoría de edad de Enrique I.
A mediados del siglo XIV el señor de la casa del castillo recibe 300 maravedís que rinde portazgo de la localidad, que es behetría de Juan Alfonso Girón.
La tradición oral sitúa la fortificación en el actual emplazamiento de la iglesia de San Facundo y San Primitivo y del que únicamente se mantuvo la capilla de Nuestra Señora. Este templo ya se le menciona en el siglo XVI como Nuestra Señora o Santa María del Castillo.
Sin embargo, hay una referencia a que en 1837 se encontraba en ruinas como indica el escritor inglés George Borrow en su libro La Biblia en España: "En un extremo del pueblo yacían las ruinas de un vasto y tosco castillo, casi todo de piedra berroqueña, quise visitarlas, pero hallé la entrada defendida por una puerta".
De esta fortificación hoy solo queda su recuerdo en el nombre de la calle El Palacio.
La localidad estuvo protegida por una muralla de forma casi circular cuyo perímetro viene marcado, en su mayor parte, por la carretera de circunvalación. Su construcción es anterior a mediados del siglo XII y alberga en su interior una superficie cercana a las 26 hectáreas, en donde se menciona a finales del siglo XII la iglesia de San Facundo y junto a esta el mercado.
El acceso al interior del recinto se realizaba por varias puertas. Una de las principales era la denominada de San Pedro, situada al Noroeste de la localidad, cerca de la iglesia del mismo nombre y el actual Ayuntamiento. Comunicaba con el camino a Villada y la ermita de San Sebastián. Aunque a principios del siglo XIX ya había desaparecido, aún se conservaban en los soportales de la iglesia las cadenas formadas por gruesos eslabones que en su momento impidieron el paso de personas, animales y carros.
La Puerta o Puertas de Santa María era otra de las importantes. Situada al Sur, en dirección a la capital Palentina, se comunicaba con la de San Pedro a través de la Calle Mayor.
Por su parte, las Puertas de San Lorenzo se encontraban al Noreste y aún se las nombra en el siglo XVIII. También se menciona la puerta de Barriofalda que daba acceso al barrio de igual nombre que se situaba fuera de la muralla. Su iglesia de Santa María de Barriofalda, se convierte en el siglo XIX en la ermita del cementerio. Asimismo hay referencias a la puerta de Barrio Luz que aún se usaba en 1612 y que pudiera ser otro nombre con el que se denominaba a la de Barriofalda.
El primer documento conocido donde se menciona la localidad como "Cinisarios" corresponde a la donación que realiza el presbítero Rodrigo al monasterio de San Félix en el año 946. Nombre con el que vuelve a aparecen en el siglo XI, así como "Ciniseros".
De esta localidad es oriundo el linaje de los Cisneros, rama colateral surgida de los Girones, que figuran desde el siglo XIII entre los ricos hombres, siendo Juan Rodríguez de Cisneros la figura más brillante del linaje, que llega a ser señor de Guardo y Cisneros en la segunda mitad del siglo XIV.
Aparece la localidad en 1351 como lugar de behetría de Johan Alfonso Girón, teniendo por naturales a los Lara, Vizcaya y Cisneros. Recibe el rey 100 maravedíes en concepto de martiniega y otros 20 el señor del lugar, además del yantar. También pagan al rey contribución por servicios y moneda, pero no por fonsadera. Al señor del castillo le pagaban el portazgo como se ha indicado anteriormente.
En 1445 actúa como comendero de la villa Pero Fernández de Velasco. Según las crónicas, a principio del siglo XVI se instala en la localidad el primer Pósito Pío o panera de común, que se crea en España.
Al igual que otros pueblos de Campos en 1521 ofrece aportaciones de grano al ejército que resiste en Logroño la entrada de los franceses. Pocos años después, en 1528, los 433 vecinos pecheros con que cuenta Cisneros pagan 75.920 maravedíes en concepto de servicios.
Pese al privilegio de behetría dado por Juan II en 1454, y a los 3.291.000 maravedíes aportados por el pueblo en 1559 para pertenecer a la Corona Real, Felipe II piensa en donar la villa a don Duarte de Braganza.
Las averiguaciones que se realizan en 1591 de las vecindades del reino, refleja la cifra de 613 vecinos en la localidad, de los que 579 son pecheros, 3 hidalgos, 30 pertenecen al clero secular y 1 al regular. Por esas fechas dispone de 4 parroquias para un total de 200 fieles y es cabecera del arciprestazgo de Cisneros.
En el censo de la Sal confeccionado en 1631 se incluye la localidad en tres apartados, en el partido de Palencia y sus lugares, en el partido de Carrión y en la Merindad de Campos, presentando diferentes datos en cada apartado excepto el número de cabezas de ganado menor que indican 3.464. Coincide en dos relaciones el número de habitantes fijado en 1.634, de los que 113 son menores de 10 años, y las 164 fanegas de sal consumidas anualmente, cuyo acopiamiento realizan de la salina de Poza de la Sal con la que tienen un contrato de suministro de hasta 206 fanegas. Doce años más tarde se indica la existencia de 250 vecinos.
Como "Zisneros" con 321 vecinos aparece en el Censo de Campoflorido confeccionado en 1712. A mediados del siglo XVIII Cisneros sigue perteneciendo a la Corona y dispone de una población de 381 vecinos, entre los que se incluyen 2 ermitaños. Su caserío lo forman 361 casas habitables y 18 solares de viviendas arruinadas.
La localidad en 1768 pertenece a la provincia de Toro, corregimiento de Carrión y obispado de León. Con un total de 1.384 personas censadas, de las que 679 son varones y 705 mujeres. Exentos del pago de impuestos figuran 7 hidalgos, 10 del Real servicio, 1 de la Real Hacienda y 2 de la Inquisición. Cuenta en ese momento con 3 parroquias, San Lorenzo, San Pedro y la de los Santos Facundo y Primitivo.
En el año 1771 hay 10 cofradías en la localidad, siendo la más importante la de Todos los Santos y Hospital, que celebra una misa diaria y con los efectos y rentas que tiene mantiene de lo necesario a los pobres y enfermos que acuden al hospital. Cuenta con un presupuesto anual de 8.023 maravedíes.
Según los datos del censo de Floridablanca elaborado en 1787, la villa de Cisneros es de jurisdicción real, pertenece a la intendencia de Toro, partido de Carrión, y tiene como autoridad un alcalde ordinario.
La población la forman 731 hombres y 727 mujeres, para un total de 1.458 personas. Con profesión específica aparecen 152 jornaleros, 70 criados, 60 labradores, 24 fabricantes, 21 artesanos, 11 beneficiados, 8 hidalgos, 6 acogidos al fuero militar y 6 estudiantes. Hay además 4 empleados con sueldo real, 4 escribanos, 4 comerciantes, 3 sacristanes, 3 acólitos, 3 religiosos ordenados a título de patrimonio, 3 ordenados de menores, 1 abogado y 1 dependiente de la inquisición.
El convento de Santa Catalina, de frailes dominicos, tiene 5 profesos, 1 novicio, 1 lego, 1 donado, 3 criados y 1 niño, mientras que el hospital de San Sebastián y Santiago cuenta con 2 empleados, 2 facultativos y 2 sirvientes, además de 3 enfermos, 2 hombres y una mujer. No se constata la presencia de locos ni de expósitos. Las personas que atienden el convento y el hospital residen en los mismos.
Ya en el siglo XIX, Sebastián Miñano en 1828 indica que pertenece a la provincia de Palencia y que existen 2.876 habitantes, contados como 662 vecinos, repartidos en 3 parroquias. Sigue manteniendo el pósito mientras que en el convento no hay ningún religioso.
En 1843 el número de vecinos disminuye a 397, de los que 212 son electores. Siete años más tarde son 300, que corresponden a 2.029 habitantes. El caserío lo forman 400 casas entre las que se incluye el ayuntamiento, donde se ubica la cárcel considerada poco segura; el pósito con 3.000 fanegas de trigo de las 8.000 que tiene de capacidad; la escuela de primera letras donde acuden 150 alumnos; varias tiendas y tres iglesias. Una cuarta parte de la población se dedica al hilado de la lana que venden a la fábrica de Palencia.
Sigue disminuyendo la población hasta los 1.726 habitantes en 1874, a los 1.713 tres años más tarde, y a 1.698 en 1882. En esta última fecha la villa cuenta con 500 edificios, sigue perteneciendo a la diócesis de León y es cabecera del arciprestazgo de su nombre. Además de la agricultura, trabajan en el hilado de la lana y fabricación de alguna manta, así como en la elaboración de vino. Tiene varios molinos harineros.
Destacar en la población la iglesia parroquial de San Facundo, de comienzos del siglo XVI, declarada Monumento Histórico Artístico Nacional, en la que se mezclan estilos románicos y góticos en una construcción de ladrillo y arcilla, que cuenta con magníficos artesonados mudéjares del mismo siglo.
También del XVI es la iglesia de San Pedro, aunque reformada en el XIX. Construida con piedra y ladrillo. Bajo su pórtico se celebraban los antiguos mercados de la Villa. En su interior acoge numerosas obras de arte entre las que destaca el retablo mayor de estilo renacentista y el sepulcro gótico del XIII con la escultura de Gonzalo Jiménez de Cisneros.
Ambas iglesias forman parte del Museo Territorial Campos del Renacimiento junto con las iglesias de Santa María de Becerril de Campos y Fuentes de Nava y la de Santa Eulalia de Paredes de Nava.
En su casco urbano se conservan diversas viviendas tradicionales y edificios como el Ayuntamiento, la casa de Bravo de Acuña, la de Los Guzmanes o la de Los Carlón, así como el convento de Santa Catalina, hoy vivienda particular.
También cuenta con un pequeño parque de aperos agrícolas tradicionales, así como varias exposiciones permanentes en el Centro Cultura sobre etnografía y tradiciones.
La ermita del Santo Cristo del Amparo, a poco más de 2 km. de la localidad y la del Santo Cristo de Arenillas, a 4 Km. son las únicas construcciones que se mantienen de los despoblados de Villafilar y Arenillas, respectivamente.